نکاتی که باید در کاربرد بالینی توالی‌ یابی ژنومی در نظر گرفت

کالج ژنتیک‌پزشکی ژنومیک آمریکا (ACMG) اهمیت روش‌های توالی یابی ژنومی را در ارزیابی بالینی افراد مشکوک به ناهنجاری‌های ژنتیکی در سلول‌های زایا تأیید می‌کند. گرچه این حوزه با تحقیقات بیشتر و توسعه‌ی فناوری‌های موجود پیشرفت‌های بیشتری در آینده خواهد کرد، در حال حاضر مثال‌هایی وجود دارد که نشان می‌دهد این روش‌های توالی‌یابی ژنومی می‌توانند و حتی باید در تشخیص و مراقبت‌های بالینی به‌کار روند.
توالی‌یابی‌های وسیع نتایج مختلفی تولید می‌کند. در بیشتر موارد نتایج گزارش‌شده با شناسایی جهش در ژن مرتبط با شرایط بالینی بیمار یا ژنی که با توجه به دانش موجود به احتمال زیاد علت بیماری است توضیحی برای علائم مشاهده‌‌شده در بیمار ارائه می‌کند. چنین نتایج تشخیصی از نظر کیفی با گروه دیگری از نتایج (یافته‌های ثانویه یا غیرمنتظره) که به‌طور طبیعی حین استفاده از این تکنیک‌ها نمایان می‌شوند متفاوت هستند. یافته‌های ثانویه نتایج تست‌های ژنتیکی هستند که اطلاعاتی را درباره‌ی تغییرات در یک ژن فراهم می‌کنند که با هدف اولیه‌ی انجام آزمایش ارتباط چندانی ندارد.

اندیکاسیون‌ها برای تست تشخیصی:

WGS/ WES باید زمانی برای ارزیابی تشخیص بالینی فرد دارای فنوتیپ‌های خاص در نظر گرفته شود که:
•    فنوتیپ یا سابقه‌ی خانوادگی قویاً حاکی از حضور یک اختلال ژنتیکی باشد ولی فنوتیپ با یک ناهنجاری خاص که برای ژن بیماری‌زای آن تست ژنتیکی هدف‌دار وجود دارد مطابقت نداشته باشد.
•    بیمار ناهنجاری ژنتیکی مشخصی با درجه‌ی بالایی از ناهمگونی (هتروژنیتی) ژنتیکی را نشان می‌دهد و انجام آنالیز WES یا WGS ژن‌های متعدد هم‌زمان روش بهینه‌تری باشد.
•    بیمار به احتمال زیاد مبتلا به یک ناهنجاری ژنتیکی باشد ولی تست‌های ژنتیکی موجود برای آن فنوتیپ قادر به تشخیص علت نبوده است.
•    جنینی که احتملاً به ناهنجاری ژنتیکی مبتلا است و تست‌های ژنتیکی موجود به‌خصوص تست‌های توالی‌یابی هدفمند برای آن فنوتیپ قادر به تشخیص علت نبوده باشند:
o    تشخیص پیش از تولد با توالی‌یابی ژنومی (یعنی توالی‌یابی نسل جدید کل اگزوم یا کل ژنوم) محدودیت‌های اساسی دارد. فناوری کنونی قادر به پاسخ‌گویی سریع و در کوتاه‌ترین زمان ممکن نیست در صورتی که مسئله‌ی زمان برای تشخیص پیش از تولد بسیار حیاتی است. نتایج مثبت کاذب و منفی کاذب و تغییرات ژنتیکی با اهمیت بالینی نامشخص قابل انتظار است. انتظار می‌رود که این موارد خیلی بیشتر از زمانی باشد که Array CGH برای تشخیص پیش از تولد استفاده می‌شود.

ملاحظات قبل از انجام تست:

•    مشاوره‌ی پیش از انجام تست باید توسط مشاور ژنتیک یا پزشکی که دوره‌ی مشاوره‌ی ژنتیک را گذرانده انجام شود.
•    قبل از انجام WGS/WES، بیماران باید درباره‌ی نتایج تست، احتمال و نوع نتایج غیرمنتظره که ممکن است تولید شود و اینکه چه بخش‌هایی از نتایج گزارش خواهد شد توجیه شوند.
•    باید تمایز مشخصی بین تست‌های تحقیقاتی و بالینی صورت گیرد. در بیشتر موارد، نتایج حاوی متغیرهایی با اهمیت نامعلوم است که هدف کارهای تحقیقاتی می‌تواند قرار گیرد. در چنین مواردی دستورالعمل و رضایت‌نامه‌های رسمی باید تهیه شود و بیمار در جریان روند آزمایش‌ها قرار گیرد.

آزمایش‌های بالینی و گزارش نتایج:

هر مرحله از تست‌های آزمایشگاهی انجام توالی‌ یابی یا گردآوری توالی‌ یابی‌های انجام شده، انجام تحلیل‌های بیوانفورماتیک، تفسیر نتایج و ارائه‌ی گزارش باید در آزمایشگاه‌های معتبر و توسط افراد متخصص انجام شود. امکان برقراری ارتباط بین پزشک و آزمایشگاه نیز باید مقدور باشد.

نتایج آزمایش‌ها شامل موارد زیر می‌باشد:

•    تغییرات ژنی مرتبط با فنوتیپ که به وضعیت بیمار مربوط است.
•    تغییرات ژنی که ارتباط آن با فنوتیپ بیمار مشخص نیست ولی دارای ویژگی‌های ژنتیکی، زیستی و پاتولوژی خاصی است که در فنوتیپ‌های زمینه‌ای فرد نقش دارند.
•    تغییرات ژنی که احتمالاً با یک فنوتیپ مرتبط هستند ولی ارتباطی با بیماری که فرد برای آن آزمایش داده است ندارد (یافته‌های ثانویه)
•    ارائه‌ی نتایج پیچیده‌ی WGS/WES در رابطه با بیمار و خانواده به‌دلیل یک مشکل بالینی نیازمند فهم روش‌های انجام تست و دانش بیوانفورماتیک، مهارت در تحلیل شجره‌نامه و تفسیر و آشنایی با طیف وسیعی از ناهنجاری‌های وراثتی مانند استعداد ابتلا به سرطان، تحلیل عصبی، ناهنجاری‌های متابولیک، بدشکلی‌ها و غیره است.
•    آزمایشگاه‌های بالینی باید تشویق به منتشر کردن اطلاعات ژنوتیپی حاصل از WGS/WES در پایگاه‌های داده‌ی عمومی شوند تا اطلاعاتی که منجر به ارتقای وضعیت بهداشت و درمان می‌شوند سریع‌تر تولید شوند.

غربالگری ژنتیکی:

تمام مواردی که تاکنون اشاره شدند در کاربرد WGS/WES برای اهداف تشخیصی توصیه می‌شود. این فناوری‌ها همچنین در غیاب یک اندیکاسیون بالینی مشخص برای تست مانند تنوع اهداف غربالگری استفاده می‌شود.
•    WGS/WES در غربالگری ناقلین قبل از بارداری توصیه می‌شود که تمرکز روی یافتن تغییرات ژنتیکی است که در صورت انتقال هوموزیگوت یا همی‌زیگوس به نسل بعد باعث بروز فنوتیپ‌های خاصی شوند. با توجه به زمان پاسخ‌گویی طولانی‌مدت و دشواری‌های موجود در تفسیر نتایج که در حال حاضر یکی از چالش‌های این تکنولوژی است غربالگری ناقلین پیش از بارداری نسبت به غربالگری بعد لقاح و در دوران بارداری ارجح‌تر است.
•    WGS/WES در حال حاضر نباید به‌عنوان روشی برای غربالگری پیش از تولد استفاده شود.
•    WGS/WES نباید به‌عنوان اولین روش غربالگری نوزادان استفاده شود.
•    افراد بدون علامت و علاقه‌مند به انجام WGS/WES برای اهداف غربالگری سلامت باید هم قبل از انجام تست و هم بعد آن مشاوره‌ی ژنتیک انجام دهند. این افراد باید از نقاط مثبت و منفی چنین آزمایش‌هایی و میزان قطعیت یافتن متغیرهایی با اهمیت نامعلوم آگاه شوند. آستانه‌ی‌ درنظر گرفته شده برای ارائه‌ی نتایج به افراد داوطلب غربالگری باید خیلی بالاتر از آنچه برای تست‌های تشخیصی به‌کار می‌رود باشد چون احتمال بروز بیماری در چنین افرادی خیلی کم است.

 ملاحظات بعد انجام آزمایش:

•    خدمات ژنتیکی و سایر مداخلات تخصصی همراه با نتایج بالینی مربوطه باید موجود و در دسترس افراد مورد آزمایش باشد.