مرحله‌ي نطفه یا مرحله‌ی زیگوت (Germinal stage)

این مرحله از زمان لقاح آغاز می‌شود و هنگامی که سلول تخم (Zygote) در دیواره‌ی رحم لانه‌گزینی کند به پایان می‌رسد. تکثیر سلولی که به آن تسهیم (Cleavage) می‌گویند از زمانی که سلول تخم شروع به عبور از طول لوله‌های رحمی می‌کند تا به رحم برسد، آغاز می‌شود. زمان تسهیم در حدود ۱۰ ساعت بعد از تشکیل سلول تخم می‌باشد. بعد از لقاح سلول تخم تقریباً چند روزی در لوله‌های فالوپ شناور است تا به رحم برسد. تقسیم سلولی 24 تا 36 ساعت بعد از لقاح شروع می‌شود. زمانی که سلول تخم به مرحله‌ی دو سلولی رسید طی تقسیمات میتوزی، تعداد سلول‌هایش افزایش می‌یابد. این سلول‌ها که با هر بار تسهیم کوچک‌تر می‌شوند بلاستومر نامیده می‌شوند. بلاستومر تا مرحله‌ی هشت سلولی یک توده‌ی سلولی شل می‌باشد. پس از سه تسهیم بلاستومرها حداکثر تماس را با یکدیگر دارند و یک گوی سلولی متراکمی را به وجود آورده و با اتصالات محکم به هم متصل می‌باشند. این فرآیند که متراکم شدن   (Compaction) نام دارد توده‌ی سلولی درونی را که به طور وسیعی به وسیله‌ی اتصالات محکم به یکدیگر متصل می‌باشند از سلول‌های بیرونی جدا می‌سازد. تقریباً سه روز پس از لقاح سلول‌های نطفه‌ی متراکم طی تسهیم مورولای 16 سلولی را به وجود می آورند (مورولا یعنی شبیه توت) که توسط لایه‌ی زونا پلوسیدا محافظت می‌شود. چهار روز بعد از لقاح توده‌ی سلولی به رحم می‌رسد. توده‌ی سلولی بلاستوسیست نام دارد که تقسیم را ادامه می‌دهد و کُره‌ای با دو لایه‌ی سلول اطراف حفره‌ی توخالی ایجاد می‌کند. توده‌ی سلولی داخلی سبب ایجاد اِمبریوبلاست (Embryoblast) شده که منشأ ایجاد بافت‌های بعدی در فرد است. توده‌ی سلولی خارجی نیز تروفوبلاست  (Trophoblast)را به وجود می‌آورد که بعدها در تشکیل جفت شرکت می‌کند. همان طور که فضاهای داخلی نزدیک هم می‌شوند حفره‌ای به نام حفره‌ی بلاستوسیست(Blastocyst cavity)  داخل توده‌ی سلولی ایجاد می‌شود. سلول‌های بنیادی از توده‌ی سلولی داخل بلاستوسیست مشتق می‌شوند.

در ادامه زونا پلوسیدا تحلیل رفته و تروفوبلاست به بافت اندومتر رحم (معمولاً ناحیه‌ی انتهایی جلو یا ناحیه‌ی انتهایی پشت‌) متصل می‌شود. بین روز ششم تا دهم بعد از لقاح تروفوبلاست آنزیم‌هایی ترشح می‌کند که باعث لانه‌کردن آن در اندومتر رحم می‌شود تا زمانی که کل بلاستوسیست پوشیده شود. هنگامی که بلاستوسیست دیواره‌ي رحم را لمس می‌کند لایه‌ي خارجی در مکان تماس شکسته می‌شود. رشته‌های باریک ساقه‌مانند (Tendrils) گسترش می‌یابند و توده‌ي سلولی را به دیواره‌ي رحم متصل می‌کند و فرآیند لانه‌گزینی (Implantation) انجام می‌شود. هنگامی که لانه‌گزینی کامل شد (به طور معمول ده روز تا دو هفته بعد از لقاح)، بلاستوسیست حدوداً 150 سلول خواهد داشت. لانه‌گزینی در انسان به عنوان مرحله‌ی ابتدایی بارداری تلقی می‌شود و بین شش تا ۱۲ روز بعد از تخمک‌گذاری (درصورت لقاح) رخ می‌دهد. در این مرحله جنین به دیواره‌ی رحم متصل شده و رگ‌های خونی اندومتر فرسوده می‌شود. در بعضی خانم‌ها خون‌ریزی خفیفی در اثر لانه‌گزینی اتفاق می‌افتد (لکه و خون‌ریزی جزئی در زمان اولین قاعدگی که رخ نداده است). قسمتی از رحم که آماده‌ی پذیرش جنین می‌باشد را پنجره‌ی لانه‌گزینی می‌نامند. پرزهای جفتی یا زائده های انگشت مانند از تروفوبلاست خارج شده و به سمت فضاهای مملو از خون اندومتر گسترش می یابند. این پرزها اکسیژن و مواد غذایی را از جریان خون مادر دریافت کرده و کربن دی اکسید و مواد زائد را به خون مادر بر می‌گردانند.

بعد از لانه‌گزینی به بافت اندومتر رحم غشای دسیدوآ (Decidua) می‌گویند که غشای مخاطی لزجی است که در دوران بارداری دیواره‌ی‌ رحم را می‌پوشاند.  این سلول‌ها به طور متوسط هفت روز بعد از تخمک‌گذاری تشکیل می‌شوند. اگر لقاح صورت نگیرد به همراه دیگر بخش‌های رحم ریزش می‌کنند و چرخه‌ی قاعدگی رخ می‌دهد. اما اگر لقاح رخ دهد بخشی که مستقیماً زیر بلاستوسیست قرار گرفته است و پرزهای جفتی را به رگ‌های خونی مادر متصل می‌کند، دسیدوآ بازالیس (قاعده‌ای) (Decidua basalis) و بخشی که بلاستوسیست را می‌پوشاند، دسیدوآ‌ کپسولاریس (کپسولی) (Decidua capsularis) نام می‌گیرد. بخشی که باقی رحم را مانند آستر می‌پوشاند نیز دسیدوآ ورا (جداری، دیواره‌ای) (Decidua vera; decidua parietalis) نام دارد. سلول‌های دسیدوآ گیرند‌ه‌هایی برای هورمون‌های استروژن، پروژسترون، هورمون رشد و دیگر فاکتورها دارند.

محققان تخمین زده‌اند که تقریباً ۶۰ درصد بارداری‌ها هیچ وقت به درستی منجر به لانه‌گزینی نمی‌شوند و جنین تشکیل نمی‌گردد و بارداری قبل از آگاه شدن مادر، خاتمه می‌یابد. هنگامی که لانه‌گزینی با موفقیت انجام می‌گیرد تغییرات هورمونی در بدن مادر ایجاد شده و چرخه‌ی قاعدگی متوقف می‌گردد.

در انتهای هفته‌ی دوم بارداری میزان هورمون گنادوتروپین جفتی انسان (Human chorionic gonadotropin; HCG) بالا رفته و برای تشخیص باردار بودن زن می‌توان میزان این هورمون را به وسیله‌ی روش رادیوایمونواَسِی سنجید.

از آنجایی که 50 درصد ژنوم نطفه‌ای که لانه‌گزینی کرده از پدر به ارث رسیده است ؛ دستگاه ایمنی بدن مادر می‌بایست آن را به عنوان یک جسم خارجی تلقی کرده و پس زند. ولی چنین اتفاقی رخ نمی‌دهد. برای محافظت از بارداری عوامل مختلفی دخیل هستند. به عنوان مثال فرآورده‌های سایتوکاین‌های سرکوب‌کننده ایمنی، پروتئین‌ها و مجموعه‌ي سازگاری بافتی اصلی غیرمعمول از دسته‌ي مولکول‌های IB (HLA-G) مانع شناسایی نطفه به عنوان بافت خارجی می‌گردند. چنانچه مادر به بیماری خودایمنی مانند لوپوس اریتماتوی منتشر مبتلا باشد، پادتن‌های ایجاد‌شده در اثر بیماری ممکن است به نطفه‌ی تشکیل‌شده حمله کرده و آن را از بین ببرند.